آن گروهى كه رهيدند از وجود * چرخ و مهر و ماهشان آرد سجود هركه مرد اندر تن او نفس گبر * مرو را فرمان برد خورشيد و ابر و نيز در أيامى كه در تهران بوده قضايائى از او نوشته‌اند . در « قصص العلماء : 141 » فرموده كه وقتى شيخ جعفر و حاجى ميرزا محمد با هم در تهران بودند و شبها بدعوت أعيان آن شهر در مجالس مهمانى با يكديگر شركت مىنمودند و هماره در آن مجالس بمباحثات و مجادلات مىپرداختند و البتّه نظر بجامعيت حاجى ميرزا محمد هميشه غلبه در انظار مردم با او بود ، تا آخر شيخ به او تغير كرده ، و فرمود : به اين كلمات واهيه امر را بر عوام مشتبه مىنمائى و سخنان فاسد خود را در ظاهر زينت مىدهى ، اگر ترا با من سخنى است فردا صبح در بيرون دروازه بمباهله مىرويم تا محق از مبطل متميز گردد ! پس صباح آن روز هر دو بيرون رفتند و ميرزا محمد پيشتر از شيخ حاضر شده و به نماز ايستاد و جمع كثيرى بوى اقتداء كردند ، و چون شيخ از عقب رسيد و نيز به نماز ايستاد جمعيت همه در عقب شيخ رفتند و به نماز او ايستادند ، پس ميرزا محمد بتعجيل نماز را تمام كرده و بلافاصله به شهر برگشت و بمباهله نايستاد ! انتهى . و از جمله قضاياى معروفهء او در طهران : آوردن سر ايشپخدر سردار دولت روسيه است . تبيين آنكه در آن أوقات هماره در ميان دولت ايران و روس جنگ و جدال بر پا بود و غالبا دولت ايران مغلوب و دولت روسيه غلبه داشت ، و سردار لشكر روسيه شخصى بود بنام سيسيانف كه مردم ايران او را ايشپخدر ( يا ايشپختر ) مىگفتند ، و از آن جمله در سنه 1220 اين سردار بزرگ با لشگرى بجنگ ايران آمد و بنص « قصص : 141 » چندين شهر از ايران مانند قبه و بادكوبه را گرفتند و مسلمانان بغايت از او اضطراب داشتند ، و به‌طورىكه در « بستان : 611 » و « تاريخ قاجاريه » و « فارسنامه ، گفتار اول : 254 » نوشته با ملاحظهء « قصص العلماء ، صفحه مذكوره » و « تاريخ اصفهان » بضم عبارات بعضى با بعضى ؛ هول و هربى عظيم در قلوب مردم پديدار شد و قشون فتحعلى شاه مكرر از او شكست خوردند ، و در آن ايام حاجى ميرزا محمد در طهران بود ، أمناء دولت چون او را از علوم غريبه با اطلاع مىدانستند روزى از زحمات آن جماعت در نزد او شكايت كردند ، و بكنايه از او خواهش نمودند كه اگر بتوانيد دفع شر او را از سر مسلمانان بفرمائيد كه بمنزلهء جهادى خواهد بود ! آن جناب قبول كرد و فرمود من سر خود را در راه مسلمانان دادم و سر ايشپخدر را